L'isola più famosa e popolata di tutto l'arcipelago è certamente Favignana, dove si possono ammirare il paesaggio collinare, la vegetazione costituita dalla tipica macchia mediterranea e la bellezza costiera.
La Farfalla, come spesso viene chiamata l'isola per le due ali che sembrano dispiegate sul fiore azzurro del mare a suggerne il nettare, deve il suo nome attuale al vento Favonio, mentre nell'antichità veniva chiamata Aegusa. In tempi recenti la sua storia si lega alla famiglia Florio che vi impianta una tonnara, la cui imponente mole domina ancora il paesaggio, vicino al porto. Ed è proprio la pesca del tonno, con la mattanza (tradizionale, ma crudele metodo per uccidere i tonni rimasti ingabbiati nella camera della morte), che nel passato ha costituito l'attività principale degli abitanti dell'isola. Favignana ha un'estensione di circa 20 kmq ed è percorsa, lungo "l'ala" occidentale, dalla Montagna Grossa che, quasi a dispetto del suo nome, non raggiunge che i 302 m d'altitudine. La parte orientale è invece più piatta ed accoglie il principale centro abitato. La costa, molto frastagliata, lascia spazio qua e là a delle spiaggette di sabbia.
Un'altra attività che nel passato costituì una fonte di guadagno non indifferente per gli abitanti dell'isola fu l'estrazione del tufo. I blocchi, una volta tagliati, venivano esportati nel resto della Sicilia e in Nord Africa. La parte orientale dell'isola è caratterizzata proprio da queste cave, che conferiscono al paesaggio un singolare aspetto "bucherellato" con queste grandi depressioni squadrate e a gradoni. In prossimità del mare, lungo la costa est sussistono le antiche cave in parte sommerse dai flutti in seguito a degli smottamenti di terreno. Il mare vi penetra formando piccoli specchi d'acqua dalle forme geometriche. Le più spettacolari cave si trovano nella zona di Scalo Cavallo, Cala Rossa, e Bue Marino.
Il lato ovest della montagna invece digrada in mare formando suggestive grotte. Ogni mattina estiva di "mare buono", al porto, i pescatori si offrono di portare i turisti alla scoperta delle più belle: la Grotta Azzurra (per il colore assunto dall'acqua), la Grotta dei Sospiri, che d'inverno fa sentire i suoi lamenti, e la Grotta degli Innamorati, per le due rocce identiche e affiancate sulla parete di fondo.
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